knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX201815.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M01122

5 Motif M01175

6 Motif M01118

7 Motif PBM0162

8 Motif PBM0145

9 Motif M00001

10 Motif M01610

11 Motif PBM0087

12 Motif M01525

13 Motif MA0018.2

14 Motif M00338

15 Motif M00041

16 Motif M01970

17 Motif M00778

18 Motif M01700

19 Motif M01838

20 Motif M01818

21 Motif MA0119.1

22 Motif M01196

23 Motif M02040

24 Motif M00244

25 Motif M00797

26 Motif M00270

27 Motif MA0100.1

28 Motif PBM0203

29 Motif M00428

30 Motif M00986

31 Motif M00491

32 Motif M01639

33 Motif M01241

34 Motif M00108

35 Motif M01714

36 Motif M01933

37 Motif M01509

38 Motif PBM0095

39 Motif PBM0126

40 Motif PBM0104

41 Motif PBM0103

42 Motif PBM0132

43 Motif PBM0135

44 Motif PBM0116

45 Motif M01985

46 Motif M01167

47 Motif M01940

48 Motif M00235

49 Motif MA0006.1

50 Motif M01961

51 Motif M01104

52 Motif M00654

53 Motif M02011

54 Motif PBM0027

55 Motif M01559

56 Motif M01903

57 Motif M01629

58 Motif PBM0054

59 Motif M01512

60 Motif M01839

61 Motif M01182

62 Motif M01636

63 Motif M01947

64 Motif M01681

65 Motif M01597

66 Motif PBM0121

67 Motif PBM0114

68 Motif PBM0113

69 Motif PBM0107

70 Motif M00806

71 Motif M00193

72 Motif M00916

73 Motif M00917

74 Motif PBM0023

75 Motif M01550

76 Motif PBM0191

77 Motif PBM0176

78 Motif M01613

79 Motif M00466

80 Motif PBM0033

81 Motif M01220

82 Motif M00752

83 Motif PBM0120

84 Motif PBM0105

85 Motif PBM0094

86 Motif PBM0130

87 Motif PBM0129

88 Motif PBM0128

89 Motif PBM0119

90 Motif PBM0100

91 Motif PBM0110

92 Motif PBM0101

93 Motif PBM0097

94 Motif M02037

95 Motif M01992

96 Motif M01989

97 Motif M01988

98 Motif M01987

99 Motif M01983

100 Motif M01982

101 Motif M01981

102 Motif M01980

103 Motif M01979

104 Motif M01976

105 Motif M00032

106 Motif MA0076.1

107 Motif M01990

108 Motif M01986

109 Motif M00262

110 Motif M01660

111 Motif MA0048.1

112 Motif M01243

113 Motif M01114

114 Motif M00940

115 Motif M00939

116 Motif M01492

117 Motif PBM0083

118 Motif M00263

119 Motif M01951

120 Motif PBM0077

121 Motif M01843

122 Motif M01609

123 Motif M00920

124 Motif M00516

125 Motif M01812

126 Motif M00113

127 Motif PBM0085

128 Motif M01517

129 Motif PBM0082

130 Motif M01925

131 Motif M01649

132 Motif M01948

133 Motif M00942

134 Motif MA0093.1

135 Motif MA0004.1

136 Motif M01699

137 Motif M00799

138 Motif PBM0198

139 Motif PBM0181

140 Motif M01577

141 Motif M01962

142 Motif M01774

143 Motif M00649

144 Motif M01544

145 Motif M01251

146 Motif M01634

147 Motif M00345

148 Motif M01938

149 Motif M01742

150 Motif M00652

151 Motif M00470

152 Motif M00698

153 Motif M00440

154 Motif M00182

155 Motif M00944

156 Motif M01648

157 Motif M01050

158 Motif M01852

159 Motif M01055

160 Motif M00322

161 Motif M00373

162 Motif M01972

163 Motif M00243

164 Motif M00697

165 Motif M00694

166 Motif M00036

167 Motif M01862

168 Motif M01820

169 Motif M01586

170 Motif M00691

171 Motif M00513

172 Motif M00017

173 Motif M01863

174 Motif M01187

175 Motif M01186

176 Motif M00179

177 Motif M00178

178 Motif M01861

179 Motif M00981

180 Motif M00946

181 Motif M00375

182 Motif M00039

183 Motif M00514

184 Motif M00615

185 Motif M00121

186 Motif M00369

187 Motif M00366

188 Motif M00187

189 Motif M01584

190 Motif PBM0089

191 Motif M00434

192 Motif M00236

193 Motif MA0104.2

194 Motif MA0059.1

195 Motif M00217

196 Motif M01113

197 Motif M00084

198 Motif M01673

199 Motif MA0024.1

200 Motif M00739

201 Motif M00738

202 Motif M00737

203 Motif M00736

204 Motif M00431

205 Motif M00427

206 Motif M00426

207 Motif M00050

208 Motif M01635

209 Motif M00973

210 Motif MA0115.1

211 Motif M00788

212 Motif M01958

213 Motif M00936

214 Motif M00376

215 Motif M00740

216 Motif PBM0124

217 Motif M01068

218 Motif M01643

219 Motif M00706

220 Motif M01587

221 Motif M01111

222 Motif M01957

223 Motif M00492

224 Motif M01840

225 Motif M00763

226 Motif M01646

227 Motif M00927

228 Motif M01054

229 Motif M00918

230 Motif M00425

231 Motif M00014

232 Motif MA0039.2

233 Motif PBM0172

234 Motif PBM0171

235 Motif M01513

236 Motif M00660

237 Motif M01946

238 Motif M00069

239 Motif PBM0049

240 Motif M01516

241 Motif M00730

242 Motif M00024

243 Motif M01917

244 Motif PBM0013

245 Motif M01558

246 Motif PBM0200

247 Motif M01793

248 Motif M00985

249 Motif M00796

250 Motif M00539

251 Motif M00945

252 Motif M00371

253 Motif M00370

254 Motif M00220

255 Motif M01927

256 Motif M00512

257 Motif MA0017.1

258 Motif M00158

259 Motif M00765

260 Motif M00762

261 Motif M01035

262 Motif M01752

263 Motif M01815

264 Motif MA0138.2

265 Motif M01256

266 Motif M00325

267 Motif M00256

268 Motif M01028

269 Motif MA0139.1

270 Motif M01259

271 Motif M01200

272 Motif M01598

273 Motif M01650

274 Motif M02032

275 Motif M01911

276 Motif M00687

277 Motif M00666

278 Motif M02016

279 Motif M00245

280 Motif M00246

281 Motif M01816

282 Motif M00435

283 Motif M01065

284 Motif M01642

285 Motif M01916

286 Motif M00288

287 Motif M00066

288 Motif M00065

289 Motif MA0088.1

290 Motif M00264

291 Motif MA0007.1

292 Motif MA0117.1

293 Motif M01906

294 Motif M00281

295 Motif M00223

296 Motif M01571

297 Motif M00496

298 Motif M01511

299 Motif M01662

300 Motif PBM0173

301 Motif PBM0142

302 Motif M00279

303 Motif MA0003.1

304 Motif M00469

305 Motif M00320

306 Motif PBM0081

307 Motif M01298

308 Motif M00443

309 Motif M01116

310 Motif M01909

311 Motif M00210

312 Motif M00693

313 Motif PBM0156

314 Motif PBM0140

315 Motif M01234

316 Motif M00993

317 Motif M01608

318 Motif M00368

319 Motif MA0157.1

320 Motif M01960

321 Motif M00398

322 Motif PBM0079

323 Motif M00396

324 Motif M00394

325 Motif M00104

326 Motif M00280

327 Motif MA0142.1

328 Motif M00626

329 Motif PBM0005

330 Motif M01549

331 Motif M00241

332 Motif MA0111.1

333 Motif M01768

334 Motif MA0091.1

335 Motif M00992

336 Motif MA0058.1

337 Motif M00930

338 Motif M00795

339 Motif M00292

340 Motif M00150